Gra została opracowana w tajnym laboratorium znajduje się na dnie oceanu. Tu żył w samotności ekscentrycznego naukowca, doświadczenia i eksperymenty koledzy go winić. Jego głównym zadaniem było stworzenie żywa istota obdarzona rozumem, a rok później zrobił. Ale w tym samym czasie twórca zniknął w tajemniczych okolicznościach, pozostawiając Goo (nazwa ta otrzymała jego potomstwo) i czekać na niego do pominięcia. Hero zmęczony wychodzić w kolbie kamerą i wyjść z nim udał się na wycieczkę kompleksu znaleźć śladów zaginionego przyjaciela. Możliwość wyboru stopnia elastyczności pomoże pokonać różne przeszkody, aby poradzić sobie z wrogiem i przeniknąć do miejsca, gdzie zwykły człowiek i jak nie dostać.