Wydarzenia Metal Shooter: Run and Gun nastąpić w odległej przyszłości, kiedy ludzkość poczyniła znaczący krok w rozwoju, ale w dalszym ciągu prowadzić wojnę ze sobą. Po orbicie satelitę był w stanie naprawić dziwną aktywność na wyspie był uważany za niezamieszkane. Komenda postanowił sprawdzić ten fakt, i wysłał do swojego najbardziej doświadczony komandos. Od pierwszych sekund po wylądowaniu, główny bohater sobie sprawę, że cały teren roi się od robotów, którzy chcą go zabić. Po tym spotkaniu, należy oczekiwać czegoś dobrego od całej tej armii nie musi podjąć decyzję i charakter zrozumieć, co się dzieje, aby znaleźć kogoś, kto za tym wszystkim stoi i natychmiast zniszczyć, więc nie ma się tu dwa razy. Przed nim czeka na niebezpiecznych wrogów, unikalnych broni i bardzo dużych bossów.